Limpiar este espacio es peligroso porque se trata de un habitáculo confinado y sin ventilación, por lo que se necesita de permisos y personas especializadas en esta tarea. Además, se necesita material técnico específico y utilizar medidas de seguridad que garanticen el trabajo de la persona que se introduce a realizar esta función.
En esta tarea de limpieza lo que se acumula principalmente es fango, producido por el paso del tiempo, raíces, hojas y materia orgánica que hace que el agua no se encuentre en buen estado. Pasada la profunda limpieza se procede a la desinfección del aljibe para poder eliminar cualquier bacteria que haya podido quedar. Para realizar la perfecta desinfección se utiliza agua a presión con hipoclorito diluido, consiguiendo así una mejor agua para uso municipal.
